Il Palazzo dei Pio ha subito gravi danni sismici nella sua storia, tra cui recentemente quelli dei terremoti del 1987 e del 1996, dopo il quale sono stati effettuati importanti lavori di ripristino, col miglioramento sismico delle aree aperte al pubblico. Questi interventi hanno consentito all’intero Palazzo, pur nella grande complessità morfologica e tipologica, di resistere alle forti tensioni dei due movimenti tellurici del 20 e del 29 maggio, senza avere crolli importanti.

Le conseguenze più rilevanti riscontrate dopo il terremoto del 20 e 29 maggio nell’area di maggior prestigio storico artistico del piano nobile dei Musei sono costituite da lesioni sulla volta a copertura delle due rampe dello Scalone d’Onore, con piccoli distacchi degli intonaci, sulle pareti interne delle Logge del 1° piano, in particolare nelle murature a contatto con le paraste, su alcune volte e alcuni archi di sostegno della loggia est e nord, con distacco di intonaco.