La chiesa attuale trae origine da una parte quattrocentesca a pianta centrale (zona absidi) integrata a inizio ’500 con le navate attribuite a Baldassarre Peruzzi. I due corpi di fabbrica e il nucleo centrale del tiburio hanno altezze, rigidità e deformabilità diverse che corrispondono a modi differenti di movimento dei muri, che si concentrano nelle zone di connessione tra le parti.

Con il sisma del 20 maggio 2012 il tempio ha subìto danni ingenti, ulteriormente aggravati dai ripetuti movimenti tellurici del giorno 29, che hanno creato una situazione di pericolo di crollo del tiburio e dei campanili nella parte absidale.